당사자 간에 부동산거래를 하면서 거래대금과 별도로 부가가치세 지급약정이 없으면 부가가치세 청구를 할 수 없다(대판2002다38828).

부동산(토지 제외)거래(매매, 임대) 계약에서 거래대금이나 임료와 구분하여 부가가치세 별도라고 표시해야만 부가가치세를 받을 수 있다.

당사자 간에 부동산 임대료를 실제보다 과소하게 세무서에 신고하면서 과소신고 분에 상응한 부가가치세만 임차인이 부담하다가 그 후 세무서에 임대료 과소신고 사실이 적발되어 추가로 추징된 부가가치세에 대하여는 임차인에게 청구할 수 없다(대판2010다95062).

부동산매매계약에서 부가가치세 별도라고 표시된 계약을 하면 소유권이전등기와 부가가치세 지급은 동시이행관계로 보지 않으나 부가가치세를 미리 계산하여 매매대금(부가가치세 포함)이라고 표시하면 동시이행관계로 본다(대판2005다58656).

계약당사자 쌍방이 착오로 부가가치세 과세대상인줄 모르고 매매계약을 하였으나 그 후 부가가치세가 과세되더라도 매수인에게 부가가치세 지급청구를 할 수 없다(대판2005다13288).

영위하던 사업용 자산을 매각하면 사업용 자산(토지 제외)에 부가가치세가 과세된다. 문제는 사업을 포괄적으로 이전하는 사업경영주체만 바뀌는 사업용 포괄적 양도를 하면 부가가치세 과세에서 제외가 된다(부가가치세법10⑨).

종전에 사업의 포괄적 양도양수인지 단순한 사업체의 자산양도인지 여부에 관하여 그 판정기준이 추상적 포괄적인 관계로 분쟁이 끊이지 않았다. 포괄적 양도양수임에도 불구하고 세금계산서를 발행하고 수취하면 허위세금계산서 교부와 수취로 가산세부과 매입세액 불공제의 불이익을 받았다. 그리하여 포괄적 양도양수임에도 불구하고 단순 자산양도양수로 보고 부가가치세를 거래징수하고 납부한 경우에는 매입세액공제를 허용하는 등 불이익을 주지 않기로 하는 단서(부가가치세법10 ⑨ 2.)가 신설되어 입법적 해결을 하였다.

사업을 포괄적으로 양도양수하려면 사업장 자체(임대차 승계), 자산내역(부동산, 기계설비 등 동산), 거래처내역, 종업원고용승계 등을 명시하고, 계약서에 특약으로 부가가치세는 사업의 포괄적 양도양수로 처리하기로 한다고 기재해야 할 것이다.

부동산임대업의 경우에 매수인이 부동산과 임대차계약을 그대로 승계하고, 임대업사업자등록을 하고 임대업을 영위해야하고, 직접 사용하면 사업의 포괄적 양도양수 요건을 갖추지 못하게 된다.

부동산매매업의 경우에 매수인이 부동산을 매수하여 부동산매매업을 영위하더라도 단순한 부동산매수와 차이가 없다면 사업의 포괄적 양도양수로 인정받기 어렵다(대판93누524). 단순한 부동산 매수 이외에 부동산매매업을 영위하는 사무실이나 관리종업원 등의 인수와 고용승계가 있어야 쉽게 사업의 포괄적 양도양수로 인정받을 수 있으므로 유의해야 한다.

문제는 계약당사자 간에 사업의 포괄적 양도양수를 하기로 약정하고서 양수인이 사업의 포괄적 양도양수 요건을 갖추지 못하여 양도인에게 부가가치세가 추징된 경우에 부동산 매수인에게 부가가치세 지급을 청구할 수 있느냐 하는 점이다.

이 경우 포괄적 양도양수가 안 되면 부가가치세를 지급하기로 하는 묵시적 약정이 있는 것으로 보아 부가가치세 지급청구를 할 수 있다고 한다(대판99다33984, 2002다38828).