헌법은 ‘사립학교의 설립 및 운영의 자유’(이하 ‘사학의 자유’)를 보장하며 이는 헌법재판소의 확립된 판례이다. 즉 사학의 자유는 헌법으로 보호되는 기본권에 속한다.
따라서 다른 기본권과 마찬가지로, 입법자는 사학의 자유에 기속되며 이를 개폐할 수 없고 최대한 보장할 의무를 지며, 그 제한은 법률로써 하되 엄격한 정당화를 필요로 한다.
그런데 사립학교에 관한 우리나라 법제는 그러한 기본권 가치가 인식되기 전에 형성된 것이고, 1974년도부터 고교평준화 제도 하에서 사학의 자유는 정부의 포괄적 규제 대상이 되어왔다. 사학의 자유 내지 자율성은 학생선발, 수업료 책정, 교과과정 편성, 교직원 채용의 자유 등을 통하여 보장된다.
이러한 자유가 어떻게 규제되는지를 학생선발과 수업료에 관하여 살펴보자. 초·중등교육법 제47조 제2항은 ‘고등학교의 입학방법 및 절차에 관하여’ 대통령령에 위임하고, 동법 시행령 제77조는 ‘교육부령이 정하는 지역 안에서 소재하는 고등학교의 입학전형’을 교육감이 실시하도록 하고, ‘교육감이 고등학교의 입학전형을 실시하는 지역에 관한 규칙’은 서울특별시를 그런 지역으로 지정하였다.
한편 초·중등교육법 제10조는 ‘학교가 수업료를 받을 수 있다’고 하면서도 ‘수업료와 그 밖의 납부금을 거두는 방법 등에 필요한 사항’을 조례로 정한다고 하고, ‘서울특별시 학교 수업료 및 입학금에 관한 조례’는 공, 사립학교의 수업료와 입학금은 학교별 실정 등을 고려하여 “교육규칙으로 정한다”고 하고, 동 조례 시행규칙은 일반 공,사립학교 수업료를 연간 145만800원(분기별 36만2700원)으로 지정하고 있다.
이러한 법령, 조례, 조례 시행규칙 등에 의하여 사립학교의 학생선발과 수업료 책정의 자유는 포괄적으로 제한되며, 다만 자사고나 특목고 등은 그러한 규율체계의 예외로서 허용되고 있다(동법 제61조, 동법 시행령 제91조의3, 위 조례 제2조 단서 등).
초·중등교육법 시행령 제91조의3에서 자사고는 신청을 받아 교육감이 지정하는데, 그 경우 국가의 재정보조가 없으며, 입학전형과 수업료는 일정 부분 자율적으로 정할 수 있고(1.5배수 추첨 및 면접, 공립학교 수업료의 3배수), 정원의 20%는 기초생활보상 수급자나 자녀 등으로 충원하여야 하며, 교육감은 ‘5년마다 시·도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 해당 학교 운영 성과 등을 평가하여 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우’ 교육부장관과 협의를 거쳐 지정을 취소할 수 있다.
이러한 법체계가 형식적 측면에서 헌법상 사립학교의 설립과 운영의 자유의 보장체계에 적합한 것인지 의문이다(법률유보, 명확성, 포괄위임입법금지 원칙). 자사고의 ‘지정’은 자사고와 같은 자율적 사립학교의 설립과 운영이 헌법과 교육법 체계상 ‘금지’된다는 전제 하에 이를 해제하여 허가하는 형식을 취한다. 그 배경에는 고교 평준화 정책 혹은 교육의 공공성이라는 관점이 작용하고 있다.
그런데 사립학교를 입학전형, 수업료 등에서 공립학교와 동등화하는 고교 평준화 정책은 헌법적 요청이 아니며, 하나의 입법정책이다.
헌법 제31조 제1항이 ‘능력에 따른 균등한 교육을 받을 권리’를 보장하지만 이는 국가에 대한 권리이며, 국가가 국공립학교를 통하여 실현하여야 할 사항이지 사립학교에 대하여 무시험과 수업료 동결을 요구하는 근거조항이 될 수 없다.
고교 평준화는 1974년부터 실시되었으며 위 조항은 제헌헌법부터 존재하였고, 만일 위 조항이 평준화 정책을 요구하는 것이라면 대학도 평준화되어야 할 것이다.
헌법 제31조 제4항의 교육의 자주성, 전문성, 정치적 중립성, 제6항의 교육제도 등 법률주의는 사학의 자주성과 전문성을 보장하면서 교육의 공공성을 법률로써 담보하는 것이며, 사학 운영의 자유라는 기본권을 심각하게 제한하는 근거가 될 수 없다.
따라서 자율적인 사립학교 운영을 ‘금지’하면서 교육감의 자사고 ‘지정’을 통하여 일부 이를 허용하는 제도 자체가 헌법적 문제를 지닌 것이며, 시행령 상 그 지정을 취소하는 사유와 방식도 헌법상 기본권 제한의 형식적 요건과 실체적 요건(과잉금지 원칙 등)에 맞는 것인지 의문인 것이다.