서울지방검찰청 검사는 1995년 7월 18일 5·18 내란사건과 관련된 피의자 35명에 대해 공소권없음의 불기소 처분을 했으나 이듬해 12월 5·18 민주화운동 등에 관한 특별법이 제정·공포되자, 피의자 전원에 대해 반란중요임무종사와 내란중요임무종사 등의 혐의로 서울지방법원에 각각 구속영장을 청구했다.

사건의 청구인들은 이 영장청구사건에 관한 재판의 전제가 되는 5·18 특별법 제2호는 공소시효가 이미 완성된 범죄혐의사실에 대해 소급한다며 위헌심판의 제청신청을 했으나 법원은 이를 기각했다. 이후 사건의 청구인들은 이 법률에 대해 헌법소원심판을 청구했다.

이에 대해 헌법재판소는 1996년 2월 16일 5·18 민주화운동 주모자 처벌에 대해 명시한 5·18 민주화운동 등에 관한 특별법과 제2조 위헌제청 등에 대한 법률이 합헌이라는 결정을 내렸다.

헌법재판소는 “이 사건 반란행위 및 내란행위자들이 국민에게 끼친 고통과 해악이 너무 심대해 공소시효의 완성으로 인한 이익은 단순한 법률적 차원의 이익이고, 헌법상 보장된 기본권적 법익에 속하지 않는 반면, 집권과정에서 헌정질서파괴범죄를 범한 자들을 처벌해 자유민주적 기본질서 확립을 위한 헌정사적 이정표를 마련해야 할 공익적 필요가 매우 중대하다”고 판시했다.

아울러 “이 사건 반란행위자들 및 내란행위자들의 군사반란죄나 내란죄의 공소시효완성으로 인한 법적 지위에 대한 신뢰이익이 보호받을 가치가 별로 크지 않다는 점에서 중대한 공익을 추구하고 있다고 평가할 수 있다”며 “이 법률조항은 위 범죄행위자들을 자의적으로 차별하는 것이 아닐 뿐만 아니라, 오히려 실질적 정의와 공평의 이념에 부합시키는 조치”라고 밝혔다.

그러나 헌재의 이같은 결론은 헌재 재판관 9명 중 5명만이 위헌이라 했기에 부득이 합헌으로 결정된 것으로 5·18 특별법에 대한 다수 의견은 소급입법이어서 위헌, 즉 처벌은 안 된다는 의견이었다.

헌재는 판결문을 통해 “특별법 시행당시, 공소시효가 완성되지 않았다고 보는 경우에는 재판관 전원이 헌법에 위반되지 않는다는 의견이고, 이미 공소시효가 완성된 것으로 보는 경우에는 재판관 4명이 합헌, 재판관 5명이 한정위헌의견이나 헌법재판소법 제23조 제2항 제1호에 정한 위헌결정(9명 중 6명)의 정족수에 이르지 못해 합헌으로 선고할 수밖에 없다”고 밝혔다.