의무이행소송의 도입
행정소송법 개정 논의에서 가장 큰 화두는 의무이행소송의 도입에 대한 합의라 할 것이다. 지금껏 이론과 실무를 막론하고 적극적인 권익구제수단으로서의 의무이행소송의 도입 필요성이 주장되었음에도 우리 판례는 실정법 해석론 차원에서 그 허용에 부정적인 견해를 취해왔다. 의무이행소송의 인정 여부는 입법재량사항으로서 행정소송법상 명문의 근거를 찾아볼 수 없으며, 법원이 행정청의 처분의 위법성을 심사하여 그 판단을 대체하는 것은 행정에 대한 사법의 지나친 간섭으로 헌법상 권력분립원칙에 어긋날 뿐만 아니라 사법권의 정치화·행정화를 막고 부담을 경감해야 한다는 사법 자제적 고려 등이 논거로 제시되었다.
그러나 거부처분 취소판결의 기속력으로서 재처분의무에 관한 판례의 소극적 해석으로 인해 국민의 권리구제가 불완전하였을 뿐만 아니라 권력분립의 진정한 의미는 권력의 견제와 균형에 터 잡은 권리구제의 만전에 있다는 반론이 끊임없이 제기되었고, 이를 반영하여 법무부 개정안과 대법원안은 공히 의무이행소송의 신설을 명문으로 규정하여 입법적 해결을 도모하였다.

예방적 금지소송의 신설
법무부 개정안 제48조는 예방적 금지소송에 대해 “행정청이 장래에 일정한 처분을 할 것이 임박한 경우에 그 처분의 금지를 구할 법률상 이익이 있는 자가 사후에 그 처분의 효력을 다투는 방법으로는 회복하기 어려운 손해가 발생할 것이 명백한 경우에 제기할 수 있다”고 규정하여 동 제4조 제4호의 정의 규정과 더불어 예방적 금지소송의 신설을 명문화하였다. 위법한 처분이 행하여질 개연성이 매우 높고 가처분이나 집행정지 등 잠정적 권리구제를 포함하여 사후적 구제방법으로는 회복하기 어려운 손해의 발생이 예견되는 경우 처분의 발급 이전에 이를 금지하는 권리구제절차를 규정한 것으로, 특히 강제격리, 강제추방 등 권력적 사실행위나 정보공개 등의 분야에서 그 활용도가 높을 것으로 예상된다.

당사자소송의 구체화
종래 판례는 처분 등을 원인으로 하는 법률관계라도 그 소송물이 공법상의 법률관계인 경우에만 당사자소송의 대상으로 보아, 손실보상청구, 조세과오납금반환청구, 공법상 부당이득반환청구, 국가배상청구 등을 대체로 민사소송으로 취급하여 왔다.
그러나 민사소송과 구별되는 당사자소송의 독자성 제고 및 활성화에는 학계와 실무계의 전반적인 합의가 이루어졌다. 구체적인 개정 방법으로는 당사자소송에 포섭되는 사건 유형을 열거하는 방법과 법 문언을 보다 명확히 하여 상세한 기준을 정립하는 방법이 논의될 수 있는데, 법무부 개정안은 양자를 결합하여 당사자소송의 예로 ‘행정상 손실보상, 처분 등의 위법으로 인한 손해배상·부당이득반환’을 열거하고, ‘그 밖의 공법상 원인으로 인한 법률관계’라는 문구를 사용함으로써 기존의 ‘공법상 법률관계’라는 표현에 비하여 좀 더 명확한 기준을 제시하고자 한 바 있다(법무부 개정안 제3조 제2호 참조).

취소판결 등에 따른 결과제거의무의 명시
그간 취소판결의 효력으로서의 기속력의 구체적 내용에 대해서는 행정소송법 제30조 제1항의 해석에 의한 반복금지의무, 원상회복의무, 결과제거의무 등이, 제2항의 명문 규정에 의한 거부처분에서의 재처분의무가 논의되어 왔다.
그러나 특히 과세처분의 취소판결 후 압류처분취소의무, 농지매수처분 취소 후 국가의 소유권등기말소의무 등과 같은 결과제거의무와 관련하여 실무상 행정청이 자발적으로 그 집행으로 인한 위법한 결과를 제거하지 않는 경우에 원고의 입장에서는 동일한 위법상태에 대해 별소를 제기할 수밖에 없는 경우가 발생하였다.
이러한 점을 반영하여 법무부 개정안 제34조 제4항은 취소판결에 따라 행정청 등은 처분의 집행으로 인한 위법 결과의 제거를 위하여 필요한 조치를 하여야 할 의무를 규정하였다. 권리구제의 실질화를 위한 의미 있는 개정 내용임에는 의문의 여지가 없으나, 결과제거의무를 담보할 강제수단과 관련하여 여전히 논란의 여지가 있다.

자료제출요구 규정의 신설
학계·실무계의 지적에 따라 법무부 개정안은 법원의 관계 행정청에 대한 자료제출요구권을 규정하고 있다. 강화된 직권심리주의 하에서 원고의 권리구제 및 행정소송의 공익성 요청을 만족하기 위하여 신설을 제안한 것이다.