1. 사실관계 

피고 소속 세무공무원은 원고가 세금을 탈루한다는 제보를 받고는 ‘2008년 12월 18일부터 12월 26일까지 탈세제보에 관한 현지확인을 하되 그 결과 탈세사실이 확인되면 그 즉시 세무조사로 전환하기로 한다’는 내용의 현지확인 계획을 세워 피고로부터 결재를 받았다.

이에 피고 소속 세무공무원 5명은 2008년 12월 18일 ‘총 매출금액 누락 여부 확인’이라는 확인 목적이 기재된 ‘현지확인출장증’을 소지하고 원고의 사업장을 방문하여 원고의 직원들로부터 컴퓨터 하드디스크를 임의로 제출받고 노트와 메모를 점검하여 차명계좌로 의심되는 계좌에 관한 정보 등을 얻거나 2008년 12월 26일 원고로부터 일별판매전표 및 지로판매에 의한 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출금액에 관한 확인서를 작성받는 등의 현장조사(이하 ‘이 사건 1차 조사’)를 하였다.

그 결과 피고는 원고가 타인 명의의 계좌로 옥제품 판매대금을 송금받는 방법으로 부가가치세에 관한 매출을 누락하였다고 보아, ‘조세대상세목: 부가가치세, 조사대상기간: 2005. 4. 16.~2008. 6. 30, 조사기간: 2009. 2. 2.~2009. 2. 13.’로 한 세무조사(이하 ‘이 사건 2차 조사’)에 착수하였다가 금융거래확인을 위하여 조사기간을 연장하고 조사유형을 조세범칙조사로 전환한 후, 2009년 6월 1일 원고에게 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 부가가치세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 원심판결의 요지 

국세청 훈령인 구 조사사무처리규정(2010. 3. 30. 국세청 훈령 제1838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조가 ‘현지확인’을 ‘자료상 혐의 자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 민원처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인 업무, 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위’로 정하고, ‘세무조사’를 ‘각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법, 조세범처벌절차법에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고 장부·서류·물건 등을 검사조사하는 행위로서 조사계획에 의하여 실시하는 일반세무조사와 조세범칙조사’로 정하고 있다. 

이 사건 1차 조사의 경위나 내용 및 범위 등에 비춰볼 때 이 사건 1차 조사는 과세자료 등 처리를 위한 일회성 확인업무 또는 사업자에 대한 사업장현황 확인업무 등을 처리하기 위해 납세자를 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위인 ‘현지확인’에 해당할 뿐이고, 이 사건 2차 조사는 이러한 현지확인 결과를 토대로 한 최초의 세무조사로 봐야 한다.

3. 대상판결의 요지 

피고 소속 세무공무원이 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따라 이 사건 1차 조사를 하였다고 하더라도, 그것은 실질적으로 원고의 총 매출누락 금액을 확인하기 위하여 원고의 사업장에서 원고나 그 직원들을 직접 접촉하여 9일간에 걸쳐 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출사실에 대하여 포괄적으로 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서, 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 한다. 

4. 대상판결의 의미 

대상 판결은 특별한 제한 없이 시행되던 국세청의 조사사무처리규정에 근거한 현지확인에 대해 국세기본법상 세무조사에 관한 엄격한 절차를 적용하겠다는 것을 명확하게 밝힌 판결로, 그 명목이 현지확인이라고 하더라도 그 실질적인 내용에 따라 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 판시함으로써, 국세청의 세무조사 관행에 상당한 변화를 가져올 것으로 보인다.