B는 화해계약에 따라 2009년 3월 6일 A가 전세계에 등록한 894개의 특허권에 관하여 A에게 약 216억원을 화해대가로 지급하면서 그 중 15%인 약 32억원을 A의 법인세 등으로 원천징수하여 2009년 4월 10일 관할 세무서장에게 신고·납부하였다.
그 후 A는 2009년 11월 16일 관할 세무서장에게 화해대가 중 국내에 등록된 특허권의 사용대가인 약 2억6000만원을 제외하고 국외에서만 등록된 특허권의 사용대가인 약 213억원이 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 이유로 그에 대한 원천징수 법인세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 관할 세무서장은 2010년 1월 28일 이를 거부하는 처분을 하였다. A는 구제받을 수 있을까.
법인세법 제98조 제1항은 외국법인에게 그의 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 이자, 배당, 사용료 소득 등 동법 제93조의 소득을 지급하거나 국내사업장이 없는 외국법인에 대하여 그러한 소득을 지급하는 자는 일정 세율에 의해 법인세를 원천징수하여 그 다음달 10일까지 납부하도록 규정하고 있다.
한편, 2008년 12월 26일 개정 전 법인세법 제93조 제9호는‘특허 등을 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 대가를 국내원천소득의 하나인 사용료로 하되, 조세조약상 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 않는다’라는 취지로 규정하고 있었다.
그런데 대법원에서 몇 차례 “한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고 국내에 등록하지 않은 특허권에 대한 사용대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조)”라는 취지의 판결을 하자, 정부는 2008년 12월 26일 법인세법 제93조 제9호 단서에‘특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’라는 내용의 후문을 추가하여 그 이후 지급되는 소득분부터 위 규정이 적용되도록 하였다.
그러나 대법원은 위 규정이 개정된 이후인 2009년 3월 6일 지급된 이 사건 특허 사용료 소득에 대하여도 국내원천소득이 아니므로 원천징수의무가 없다고 판단하였다.
즉, 대법원은 “국제조세조정에 관한 법률 제28조는 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다고 규정하고 있으므로, 국내에 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 그 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야 하며 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없기 때문에 미국법인이 특허권을 국내에 등록하지 아니한 경우에는 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다”라는 종전 입장을 그대로 유지하였다. 이에 따라 A는 구제받을 수 있었다.
이렇듯, 국내에 등록되지 않은 특허 사용에 대한 대가의 지급은 국내 사용 여부와 관계없이 국내원천소득이 될 수 없다는 대법원의 입장은 확고한 것으로 보인다. 이러한 대법원 판례를 비판하는 견해도 있지만 대법원이 법인세법 제93조 제9호 단서 후문 신설에도 불구하고 위와 같은 소득이 국내원천소득에 해당되지 않는다고 해석한 것은 국내법과 한미조세조약을 조화롭게 해석한 결과이지 법인세법을 무시하였기 때문이 아니다.
즉, 한미조세조약이 개정되지 않는 한 대법원의 위와 같은 입장은 변경되지 않을 것으로 생각한다.