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[최신판례]어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 세무조사를 한 경우, 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것이 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 세무조사에 해당하는지 여부(적극)대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결
판례제공 : 강헌구 변호사  |  법무법인(유) 대륙아주
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[569호] 승인 2015.12.05  01:06:54
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어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 세무조사를 한 경우, 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것이 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 세무조사에 해당하는지 여부(적극) 및 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니한 경우에도 마찬가지인지 여부(적극) - 대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결

1. 사실관계
원심 법원이 인정한 사실에 따르면, ① 피고가 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지 원고에 대하여 조사대상 세목을 ‘법인세 외’로, 조사대상기간을 ‘1996년부터 1998년까지’로, 과세대상기간을 ‘1996년부터 2000년까지’로 하는 정기 세무조사를 실시한 후 2000 사업연도의 임대료 수입누락, 계열사 선급금 과다지급 등의 사유로 2000 사업연도 법인세 약 122억4300만원을 부과할 예정임을 고지한 사실, ② 피고는 2005. 12. 7.부터 2006. 1. 5.까지 다시 원고에 대하여 조사대상 세목을 ‘법인세 등’으로 조사대상기간을 ‘2000 사업연도’로, 조사사유를 ‘A우주항공 주식변동내용 확인’으로 하는 이 사건 세무조사를 실시한 후 그 결과에 기초하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등이 인정된다.

2. 원심 판결의 주요 내용
원심 법원은, “2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지의 세무조사에 관하여 보건대,위 세무조사는 1996년도 내지 1998년도 귀속 법인세에 대한 정기세무조사이고, 세무조사결과통지서의 과세대상기간에 포함되어 있는 1999년도와 2000년도는 위 기간에 대한 전반적인 세무조사가 아니라 1996년도 내지 1998년도 귀속 과세대상사항 중 1999년도나 2000년도까지 연결되어 있는 사항에 대하여 조사하였다는 것으로 기재된 점이 인정되는바,위 세무조사 당시 이 사건 각 신주인수행위에 대하여도 세무조사가 있었다고 보기 어렵다. 다음으로, 2001. 12. 13.부터 2002. 7. 22.까지의 세무조사에 관하여 보건대, 위 세무조사는 원고에 대한 주주들의 1999 사업연도 주식변동에 대한 것이거나, 원고가 1996년부터 1998년까지 사이에 취득한 B종합금융 주식회사 발행의 주식에 관한 것인 점이 인정되는바,위 세무조사 당시 이 사건 각 신주인수행위에 대하여도 세무조사가 있었다고 보기 어렵다. 마지막으로, 2005. 2. 21.부터 2005. 6. 1.까지의 세무조사에 관하여 보건대,위 세무조사가 이 사건 각 신주인수 행위에 대한 것임을 인정하기에 부족하고,달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다”고 판단하였다.

3. 대법원 판결의 요지
대법원은 “구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3 제2항은 ‘세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하고 있다.

세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금 탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).


이 사건 세무조사는 원고의 2000 사업연도 법인세에 대한 거듭된 세무조사로서 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상에 ‘A우주항공 주식변동내역’에 관한 부분이 제외되어 있었다고 하여 달리 볼 수는 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분은 위법한 재조사에 기초하여 이루어진 것으로 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

그런데도 원심은 이와 달리, 같은 세목 및 과세기간에 대하여 다시 세무조사를 하더라도 그 조사대상이 중복되지 아니하는 경우에는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당한다는 원고의 주장을 배척하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다”라고 판단하였다.

4. 대상 판결에 대한 평석
세무공무원은 ① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, ② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, ③ 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, ④ 국세기본법 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우, ⑤ 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다(국세기본법 제81조의4 제2항). 국세기본법 제81조의4 제2항 제5호에서 규정한 ‘그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로써 대통령령이 정하는 경우’는 ① 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우, ② 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우, ③ 조세범처벌절차법, 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우{다만, 처음의 세무조사(국세기본법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다)에서 해당 자료에 대하여 조세범처벌절차법 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행의의 혐의를 인정할 명백한 자료로 인정하지 아니한다}를 말한다(국세기본법 시행령 제63조의2).

한편, 대법원은 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호의 의미와 관련하여 “구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제1항, 제2항 규정과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다. 부동산신축판매업자 갑이 상가의 45개 점포를 분양한 후 부가가치세를 신고한 후 갑에 대한 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없어 조세탈루의 혐의를 내부감사결과 발견하여 국세청장이 재조사를 지시한 사안에서, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제2항에 의하여 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결)”고 판시하고, “객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결)”고 판시한 바 있다.

그리고 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호의 의미와 관련하여서는, 하급심에서 “최초의 단일한 원인행위로부터 파생하여 매년 발생하는 이자 지급채무와 같은 부수적 비용에 대한 세무조정은 위 규정에 정한 ‘2 이상의 사업년도와 관련’ 된 것에 해당한다고 봄이 상당하다”고 판단한 바 있다. 또한,국세기본법 시행령 제63조의2 제2호와 관련하여 “구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항, 제2항 제1호, 제2호, 제3호, 제4호, 제5호, 구 국세기본법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25201호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 제2호 전단의 문언과 체계를 바탕으로, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있는 점, 구 국세기본법 시행령 제63조의2의 규정에 따라 재조사가 허용되는 경우는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 내지 제4호에서 규정한 재조사가 예외적으로 허용되는 경우와 유사한 경우로 한정되므로 허용 사유 및 범위를 엄격하게 해석함이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에 정한 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과·징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두43257 판결)”고 보았다.

그런데 만일 재조사 금지규정에 위반한 경우 그와 같은 위법한 세무조사에 기하여 이루어진 것은 과세처분의 위법성 여부은 어떠한 영향을 미치는지가 문제될 수 있는데, 이에 대하여는 견해의 대립이 있는 것으로 알고 있으나, 대법원은 “‘이 사건 부가가치세부과처분은 이미 피고가 1998. 11.경에 한 세무조사(부가가치세 경정조사)와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 서울지방국세청장의 위법한 중복조사에 기초하여 이루어진 것이므로 위법하다’고 본 원심 판결을 정당하다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결)”고 판단으로써 세무조사의 위법을 이유로 과세처분의 위법을 도출하였다. 대상판결도 종전의 대법원의 판결과 마찬가지로 반복조사인 세무조사에 대하여는 예외적인 경우를 제외하고는 이를 금지함으로써 납세자의 영업의 자유 등 권익침해와 과세관청의 자의적인 권한남용을 방지하고자 하고 있다.

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