A는 2001. 3. 7. 서울 서초구에 있는 연립주택을 취득한 후 2004. 1. 6. 해외이주를 신고하고 캐나다로 이주하였다. 이후 위 연립주택의 재건축을 위한 B조합이 설립되었고, A는 2008. 2. 18. 조합원 자격으로 위 재건축주택조합으로부터 서울 서초구에 있는 주택을 취득할 수 있는 권리인 이 사건 분양권을 취득하였다. A는 2009. 3. 20. 이 사건 분양권을 양도하고, 이 사건 분양권의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 보아, 2009. 2. 26. 연립주택의 양도차익에 대하여 1세대 1주택 8년 이상 9년 미만 장기보유특별공제율 64%를 적용하여 2009년 양도소득세를 신고납부하였다.

과세관청은 A가 적용한 장기보유특별공제율은 1세대 1주택의 경우에 적용되고 1세대는 거주자를 전제로 한 개념이므로 비거주자인 A의 경우에는 적용되지 아니한다는 이유로 일반 장기보유특별공제 24%를 적용하여 2009년 양도소득세 약 5800만원을 경정·고지하였다.

A는 구 소득세법 제121조 제2항이 양도소득의 경우 비거주자에 대하여도 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있으므로, 비거주자라 할지라도 위 연립주택의 양도차익에 대하여 1세대 1주택 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하며 불복하였다. A는 구제받을 수 있을까.

거주자란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인을 말하며 비거주자란 거주자가 아닌 개인을 말한다. 즉, 국내에 아예 주소가 없거나, 국내에 머무르더라도 183일 미만의 기간만 머무르는 경우를 뜻한다. 이 두 가지 모두 국적과는 상관없다. 거주자에 대해서는 전세계에서 벌어들인 과세소득에 대하여 과세되지만 비거주자에게는 국내에서 발생한 이자소득, 배당소득 등 일정한 소득에 한하여 과세된다.

한편, 구소득세법 제121조 제2항은 비거주자가 국내에 있는 토지나 건물을 양도해서 발생하는 양도소득세는 국내 거주자와 마찬가지로 다른 소득과 합산하지 않고 분류 과세하도록 규정하고 있으므로 비거주자가 국내에 있는 자산을 양도한 경우 거주자와 같은 방법으로 양도소득세를 계산하여 관할 세무서에 신고·납부하면 된다.

그런데 바로 이 조항 때문에 비거주자의 경우에도 거주자와 마찬가지로 1세대 1주택을 양도한 경우 양도소득세 비과세 혜택 및 양도차익에 대한 장기보유특별공제 혜택(24~80% 공제)을 받을 수 있는 것인지에 관하여 논란이 있었다. 거주자가 2년 이상 보유한 실거래가 9억원 이하의 1세대 1주택을 양도하는 경우 양도소득세는 비과세된다. 반면 과세관청은 소득세법 시행령 제154조 제1항이 ‘비과세되는 1세대 1주택이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하는 경우를 말한다’고 규정하고 있으므로 납세의무자가 비거주자인 경우에는 비과세혜택을 받을 수 없다고 해석해 왔다.

또한, 과세관청은 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 일정 기간 이상 보유한 부동산양도에 있어 양도소득금액을 계산할 때 양도차익의 일정 부분을 공제하여 주는 장기보유특별공제 역시 비거주자에게 적용해 줄 수 없다는 입장에 있었다. 반면, 법원은 ‘장기보유특별공제는 장기간 보유하다가 양도시점에 와서 실현된 양도차익은 보유기간 중의 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 것이므로 이를 반영하여 공제하여 주기 위한 제도이며, 그 제도의 취지나 성격 면에서 비과세나 감면과는 다르므로 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없으며 비거주자라 하더라도 장기보유특별공제를 적용해야 한다’는 입장이었다.

그러나 이와 같은 논란은 입법으로 해결되었다. 2009. 12. 31. 개정 소득세법 제121조 제2항은 ‘양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다’라는 취지로 규정되어 있던 종전 규정 단서에 ‘1세대 1주택 양도 시 적용하는 비과세 혜택 및 1세대 1주택 장기보유특별공제 혜택을 적용하지 않는다’라는 내용을 추가하였다. 따라서 2010. 1. 1. 이후에 발생하는 양도소득에 대하여 비거주자가 거주자와 같은 혜택을 받을 수 있는지에 관한 논란은 더 이상 할 필요가 없게 되었다. 다만, 1세대 1주택자로서 주어지는 혜택만 배제하는 것이므로 비거주자라고 할지라도 일반적인 장기보유특별공제율(10~30%)은 계속 적용된다.

위 사례에서 법원은 A가 개정 소득세법 시행 전인 2009. 3. 20.에 분양권을 양도하였으므로 1세대 1주택에 적용되는 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있다고 판단하였다. 결국 A는 5800만원의 세금을 돌려받을 수 있었다.
 

저작권자 © 법조신문 무단전재 및 재배포 금지