A는 X 주식회사에서 2000년부터 2005년까지 대표이사로 재직하였다. X 주식회사는 2001 사업연도부터 2003 사업연도까지 부가가치세 등을 신고하면서 O 케미칼 주식회사로부터 물품을 구입한 것으로 하여 그 금액에 해당하는 매입세금계산서를 제출하고, 그 매입액을 비용으로 처리하여 손금산입하였다.

과세관청은 2004년 7월부터 같은 해 10월까지 X 주식회사에 대한 세무조사를 실시하여 위 매입세금계산서가 실물 거래 없이 교부된 가공의 세금계산서로 판단하고 2005년 1월 3일 X 주식회사에 가공매입액을 익금산입하여 법인세 등을 부과한 후 위 금액이 대표이사인 A에게 인정상여로 귀속되는 것으로 하여 X 주식회사에 소득금액변동통지를 하였다. X 주식회사는 2005년 2월 10일 소득금액변동통지에 따라 원천징수세액에 관하여 신고하였으나 그 신고금액을 납부하지 않았다.

과세관청은 X 주식회사가 소득금액변동통지에 따른 소득세 원천징수의무를 이행하지 않자 2005년 4월 8일 X 주식회사에 소득원천세 징수처분을 하였다.

그 후 X 주식회사는 2005년 9월 28일 폐업신고를 하였으며 과세관청은 2008년 12월 1일 X주식회사에 하였던 소득세징수처분을 취소하고, A에게 2001년 부터 2003년까지의 각 귀속년도 종합소득세 및 가산세 부과처분을 하였다.

A는 2001년 종합소득세 처분과 2002년 종합소득세 처분은 5년의 부과제척기간이 도과된 이후에 한 것이므로 위법하다고 주장하며 불복하였다. 반면 과세관청은 인정상여처분이 있어야 비로소 그 소득이 소득세법상 근로소득세 과세대상이 되므로 소득금액변동통지가 있었던 때로부터 그 소득세의 부과제척기간이 기산된다며 맞섰다. A는 구제받을 수 있을까?

국가는 해당 국세를 부과할 수 있는 기간 내에서만 할 수 있으며 법정기간이 경과하면 더 이상 세금을 부과할 수 없게 된다. 이를 부과제척기간이라고 한다. 부과제척기간은 각 세목별로 차이가 있고 신고 여부 등에 따라 다르다. 상속세와 증여세는 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간 부과할 수 있는 것이 원칙이다. 그러나 납세자가 사기 기타 부정한 행위 또는 당초 세금신고를 하지 않았던 경우에는 15년간 부과할 수 있다. 상속세와 증여세 이외의 세금은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과할 수 있는 것이 원칙이며 세금을 신고하지 않았던 경우에는 7년, 사기 기타 부정한 행위로 세금을 포탈한 경우에 해당된다면 10년간 부과할 수 있게 된다.

위 사건은 X 주식회사가 O 케미칼로부터 허위의 세금계산서를 받아 매입액 상당액을 비용 처리하여 손금으로 산입한 것에서 기인한다. 과세관청은 법인이 부당하게 손금산입한 금액만큼 익금(수익)으로 하여 법인세를 부과하는 한편 그 금액을 회사가 부당하게 손금산입한 연도에 대표자에게 상여를 지급한 것으로 보아 인정상여처분을 한 것이다. 이 경우 과세관청은 회사가 대표이사에게 상여를 지급한 것으로 간주한 금액만큼 대표이사의 소득금액이 변동되었다는 통지를 하게 되고 그에 따라 회사는 그 금액 상당액의 소득세를 원천징수하여 납부해야 한다. 회사가 납부하지 못하면 그 대표이사에게 직접 소득세 부과처분을 한다. 그런데 과세관청은 세금을 부과할 수 있는 날로부터 법정기간 이내에만 국세부과권을 행사할 수 있다. 소득세는 1년간 발생한 모든 소득을 다음 해 5월에 확정신고해야 하는 것이므로 과세관청은 납세자가 그때까지 신고하지 않은 경우 그 다음 날인 6월 1일부터 국세부과권을 행사할 수 있게 된다. 따라서 위 사례에서 A는 자신에 대한 2001년 소득세는 2002년 6월 1일부터, 2002년 소득세는 2003년 6월 1일부터 부과제척기간이 시작되는데 과세관청이 그로부터 부과제척기간인 5년이 도과한 2008년 12월 1일 부과처분을 하였으므로 무효라고 주장했던 것이다.

이에 대해 법원은 원고의 주장을 받아들이면서 X 주식회사가 O 케미칼로부터 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액으로 손금산입한 것은 법인세 및 부가가치세를 포탈하기 위한 행위일 뿐이며, 그 금원이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 않음에 따라 X 주식회사의 대표이사인 A가 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 말미암아 부과될 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우라 볼 수 없어 그 부과제척기간은 10년이 아니라 5년이라고 판단하였다(대법원 2012. 9. 27. 선고 2012두12167). 피고의 주장에 대하여는 소득금액변동통지는 법인세 부과제척기간 내에 할 수 있는데 이 시점부터 소득세의 부과제척기간이 시작된다고 본다면 납세자의 지위를 장기간 불안정하게 만든다는 이유로 배척하였다. 결국 A는 위와 같이 소송을 통해 구제받을 수 있었다.

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