피의자가 법정출석을 거부하거나 질병 그 밖의 사유로 피의자를 법정에 인치할 수 없는 경우에는 피의자의 출석 없이 심문절차가 진행될 수 있다. 지정된 심문기일은 피의자를 심문할 수 없는 특별한 사정이 없는 한 변경하여 주지 않는다(형소규칙 제96조의13 제1항, 제96조의22). 판사는 심문 시작 전에 진술거부권을 고지하고 피의자의 인적 사항을 물은 후 범죄사실의 요지를 알려준다. 영장재판에서는 증거분리제출, 즉 공소장일본주의가 적용되지 않아 판사는 대개 사건기록을 검토하고 법정에 들어오며 구속여부의 판단에 핵심이 되는 사항들이나 의문점을 피의자에게 질문하는 경우가 많다. 따라서 변호인은 판사의 심문내용을 통해 구속여부 판단의 쟁점에 대해 어느 정도 파악할 수 있다. 판사 중에는 피의자심문을 간단히 하거나 피의자심문에 앞서 변호인의 의견진술을 먼저 듣는 경우도 있으므로 이 경우 당황하지 않도록 미리 변론할 내용을 준비해 두어야 한다.

판사는 구속여부의 판단에 필요하다고 인정하는 경우 피해자 그 밖의 제3자를 심문할 수도 있다. 변호인은 판사의 심문이 끝난 후 의견을 진술함이 원칙이지만 필요한 경우에는 심문 도중에 판사의 허가를 얻어 의견을 진술할 수 있다. 피의자도 판사의 심문 도중에 변호인에게 조력을 구할 수 있다. 과거에는 판사의 심문이 끝난 후 검사와 변호인이 판사의 허가를 얻어 피의자를 심문할 수 있었으나 2007년 형소법 개정으로 검사와 변호인은 의견진술만 할 수 있다. 변호인의견서는 심문기일 전에 제출되는 것이 좋지만 영장재판의 특성상 법정에서 제출하거나 법정에서는 구두변론만 하고 판사의 양해를 얻어 심문종료 후 일과시간 내에 의견서를 제출하는 것이 일반적이다. 피의자의 법정대리인, 배우자, 직계친족, 형제자매나 가족, 동거인 또는 고용주도 판사의 허가를 얻어 사건에 관한 의견을 진술할 수 있다(형소규칙 제96조의16 제3항 내지 제6항).

심문종료 후 절차 : 영장재판이 끝난 후에는 피의자는 경찰서 또는 검찰청에 가서 결과가 나올 때까지 대기한다. 변호인은 일과시간 전까지 의견서를 작성하거나 피의자에게 유리한 증거 내지 정상 자료를 찾아서 법원 영장계(일과시간 후에는 당직실)에 제출한다. 영장발부여부의 결과는 대개 일과시간 이후인 저녁 8`~9시경에 나고 중요사건의 경우에는 밤 12시를 넘겨 새벽 1`~2시경에 나오기도 한다. 영장재판이 종료되면 수사기록은 수사기관에 반환된다. 영장재판결과는 영장청구를 한 수사기관에게는 통지해 주지만 변호인에게는 별도로 알려주지 않는다. 변호인이 직접 법원 영장계나 당직실, 담당 경찰관 등에 문의해야 알 수 있다.

구속기준 : 구속사유는 범죄혐의의 상당성, 주거부정, 도망 또는 증거인멸의 염려이고, 구속사유를 심사함에 있어서는 범죄의 중대성(또는 실형선고가능성), 재범의 위험성, 피해자 및 중요 참고인에 대한 위해우려 등이 의무적으로 고려된다. 과거에는 위 구속사유 외에 사형, 무기 또는 장기 10년 이상의 죄를 범한 때, 누범 또는 상습범인 죄를 범한 때, 피해자 등에게 해를 가하거나 가할 염려가 있는 때 등도 실무상 구속기준으로 삼았었다. 이러한 ‘위장 구속사유’에 대해서는 형소법 명문규정에 반하고 구속영장청구와 발부에 있어서 검사나 법관의 재량의 폭이 지나치게 넓어지며 결과적으로 구속여부에 대한 예측가능성이 없어져 국민의 사법불신을 초래한다는 비판이 많았다. 이러한 법과 실무관행의 간격을 해소하려는 취지에서 2007년 형소법 개정시에 필요적 고려사유가 도입되었다. 구속사유와 필요적 고려사유의 관계에 대해 헌법재판소는 “구속사유가 없거나 구속의 필요성이 적음에도 의무적 고려사항만을 고려하여 구속하는 것은 허용되지 않으며, 반면에 구속사유가 존재한다고 하여 바로 구속이 결정되는 것이 아니라 거기에 더하여 의무적 고려사항을 종합적으로 판단하여 구속여부를 결정하여야 한다(2009헌바8).”고 하였다. 한편, 피의자가 혐의내용을 부인할 경우 구속영장발부 가능성이 높았던 과거와 달리 최근에는 공판중심주의와 피고인의 방어권 보장 강화로 피의자가 혐의내용을 부인하더라도 본안 재판에서 방어권 보장의 필요성이 인정되면 구속영장이 기각될 수 있다.